En el centro del complejo arquitectónico de la Casa Generalicia, se encuentra el Santuario dedicado a San Juan Bautista de La Salle, que puede ser visitado y donde se puede orar. La iglesia es una armónica y bella basílica que ofrece a la veneración de los fieles, en el ábside central, una artística urna con las reliquias insignes de La Salle. Otros altares laterales están dedicados a la memoria de Hermanos reconocidos como santos por la Iglesia: la Capilla de los Hermanos Mártires, con un simbólico mosaico moderno; también las capillas de San Benildo, de San Muciano y S. Miguel, y los altares de Nuestra Señora y de San José.En este santuario, en los meses de primavera, verano y otoño, las comunidades de la casa celebran la Santa Misa, del lunes al sábado, a las 7.00 h.; los domingos, a las 7.30 h. (tercer domingo de mes, a las 11.30 h.). En los meses de invierno, la Santa Misa de la comunidad se celebra en la Sala Juan Pablo II, cercana al pasillo de los comedores.